Fin dalla sua fondazione nel 1925, l'Istituto si è dotato di una Biblioteca come fonte di ricerca e di documentazione per le sue opere.
Risale alla fase di costruzione del lemmario della Enciclopedia Italiana l'acquisizione di una ricca collezione privata di enciclopedie e lessici dei secoli XVIII e XIX (il Fondo Aldo Santi acquistato direttamente da Giovanni Gentile), e quindi l'inizio della raccolta enciclopedica, che comprende gran parte delle enciclopedie pubblicate nel mondo, una non comune collezione specializzata che consente di seguire l'evoluzione della forma enciclopedica, dai primi impianti sistematici, alle enciclopedie tematiche ai grandi tentativi di sintesi del '900.
Lo storico Gioacchino Volpe, ricostruendo le vicende dell'Enciclopedia, così ricorda l'origine della Biblioteca: "Si misero insieme i primi ferri del mestiere, cioè il primo nucleo della futura biblioteca dell'Enciclopedia, fatto essenzialmente di altre enciclopedie, di vocabolari, di lessici, di manuali, di grandi opere storiche [...]". Incaricati della Biblioteca erano Stefano La Colla e Giannetto Avanzi.
Il clima culturale favoriva la Biblioteca e le discipline biblioteconomiche; ad esse erano dedicate due sezioni: la sezione Biblioteche diretta da Fortunato Pintor e la sezione Bibliofilia e Bibliologia diretta da Tamaro De Marinis.
Durante gli anni della guerra la Biblioteca rimase a Roma, ma la presa in carico dei volumi mostra una interruzione tra il 1943 e il 1946, per riprendere con una certa regolarità solo nel 1949.
Nella relazione del Direttore generale Domenico Bartolini al Comitato d'amministrazione, il terzo punto all'ordine del giorno si apriva con l'analisi della situazione della biblioteca: "Mancare di talune pubblicazioni sarebbe per noi come per un artigiano mancare dei ferri del mestiere [...] le difficoltà per procurarsi quanto a noi serve non sono lievi [...] ma è cosa indispensabile e bisogna affrontarla".
Tuttavia anche in anni difficili, la presenza di Fortunato Pintor, Bibliotecario del Senato, alla direzione della Biblioteca (1947-1959) ha garantito continuità di gestione e livello qualitativo delle raccolte.
Nel corso di più di settanta anni si è formato un patrimonio aggiornato, attento alla produzione straniera e specializzato in enciclopedie, dizionari, lessici generali e tematici, repertori bibliografici e biografici, storia del libro e dell'editoria.
Si tratta, coerentemente, di una "Biblioteca enciclopedica" basata sull'idea guida che per ogni argomento si possa accedere ad un inquadramento bibliografico e ad una prima trattazione con possibilità di successivi approfondimenti nei settori di specializzazione. Quel che si realizza non è, ovviamente, la copertura totale di ogni disciplina nè, ancor meno, l'acquisto di tutta la produzione editoraile, ma la creazione di un tessuto di conoscenza e di consultazione che lega i fondi della Biblioteca nell'enorme patrimonio posseduto da Accademie, Biblioteche, Istituti di ricerca e Archivi.
In questo quadro si inserisce l'adesione e la promozione del Servizio Bibliotecario Nazionale (SBN), del Consorzio BAICR sistema cultura.