Le prime attestazioni ritraggono il M. al fianco del padre e dello zio Pandolfo (I), coetaneo del Malatesta. Alla morte dello zio Giovanni, nel 1304, il M. fornì a Pandolfo un sostegno imprescindibile per consolidare la signoria malatestiana su Pesaro ed estenderne il raggio di influenza nelle aree limitrofe.
L'esito negativo dell'impresa non infirmò i legami tra Malatesta e Baligani, che suggellarono la strategica alleanza politica e militare con il matrimonio tra il M. e Belluccia, sorella di Tano, avvenuto prima del 1307 e dal quale nacquero una femmina, Samaritana, e due maschi, Malatestino Novello e Pandolfino.
Progressivamente il M. godette di una sempre più larga autonomia in seno al casato. Nel 1307 rientrò nella rosa degli eredi maschi emancipati da Malatesta Malatesta detto Malatesta da Verucchio, che lo nominò nell'elenco dei lasciti testamentari redatti nel febbraio 1311. Morto poco dopo Malatesta da Verucchio, nel governo dei domini malatestiani subentrarono Pandolfo e Malatestino, appoggiato dal M., che acquisì il governo di Cesena, dove fu eletto podestà.
Nel 1313 il M., al comando di un convoglio militare, accorse in aiuto dei Fiorentini promotori di una vasta alleanza antimperiale. La morte di Enrico VII, avvenuta in quell'anno, tuttavia vanificò l'impresa e il M. fece ritorno a Rimini senza avere sostenuto alcuna battaglia. In quegli anni il M. era presente come podestà nella città di Cervia, coinvolta in una disputa con la Repubblica di Venezia per il mancato pagamento, da parte di quest'ultima, di un tributo annuale.
Nel 1314 il M. rivestì lo stesso incarico a Cesena, ancora una volta come sostituto di Malatestino che, nominato podestà di Forlì, aveva trasferito al figlio la conduzione della città, lacerata da feroci lotte intestine. Alla reggenza di Cesena il M. cumulò nel 1315 l'ufficio di conservatore nella città e nel contado di Rimini. Secondo una prassi consolidata nella famiglia, infatti, il M. era costantemente chiamato ad affiancare il padre al governo, in previsione della successione.
Nel frattempo Malatestino era stato cacciato da Forlì, riconquistata dai ghibellini, ma nel giugno 1317 un nutrito contingente di cesenati, al seguito del M., sostenuto dai Bertinoresi e dal conte Diego di Larat, vicario del re Roberto d'Angiò, riuscì ad assicurare nuovamente la città alla Chiesa.
Alla morte del padre, nel 1317, il M. ottenne la defensoria di Rimini, ritagliandosi una posizione influente all'interno del casato, benché fosse Pandolfo ad assumerne l'effettiva direzione.
L'episodio, correlato alla successiva perdita di Cesena, segnò l'inizio del declino del M., schiacciato sempre più dalla predominante figura dello zio Pandolfo. La sua fidata collaborazione, tuttavia, si rivelò nuovamente preziosa al tempo della congiura ordita nel 1324 dal cadetto Uberto Malatesta, conte di Ghiaggiolo, ai danni di Pandolfo. Oscure pertanto e apparentemente ingiustificate le cause che, a seguito della vicenda, incrinarono i rapporti fra i due congiunti.
Il precario equilibrio fu presto scardinato da forti pressioni interne ed esterne al casato. Riconquistato, nel maggio 1326, il castello di Santarcangelo occupato dall'avversa fazione dei Balacchi, il M. dovette poco dopo intervenire con il proprio seguito nella Marca, teatro di nuove rivolte. Contemporaneamente Ramberto, figlio di Giovanni Malatesta, escluso dalla spartizione dei domini disposta alla morte di Pandolfo, fomentava nuove spinte centrifughe: l'obiettivo era eliminare tutti gli esponenti del casato che avrebbero potuto ostacolare l'ascesa al potere. A tal fine, nel luglio 1326, Ramberto, risoluto a compiere un eccidio, convocò una riunione di famiglia, alla quale parteciparono il M., Ferrantino Novello, Malatestino Novello e Galeotto. Sembra che l'assenza di Malatesta Antico evitasse la strage inducendo Ramberto, timoroso di una ritorsione da parte di Malatesta Antico, a mutare il progetto di omicidio collettivo in prigionia.
L'intervento del legato pontificio Bertrand du Poujet riuscì a conciliare i distinti rami del casato, ma la tregua non era destinata a durare. La discesa in Italia di Ludovico il Bavaro (1327) indusse la Chiesa ad approntare un piano di difesa nel quale fu direttamente coinvolto il M., presente a Firenze nell'aprile 1327 come rappresentante delle forze guelfe in Romagna. Il rinfocolarsi delle lotte di fazione e i gravosi incarichi di cui fu investito il M. indussero Guido, fratello di Ramberto, ad allearsi con Arezzo e i ghibellini Parcitadi, promuovendo nel luglio 1328 un attacco congiunto contro la città di Rimini. L'assalto fu contrastato con prontezza dal M. e da Malatesta Antico, ai quali il pontefice rinnovò le lodi per avere preservato la città.
Anche se formalmente reintegrato nei propri domini, il M. fu, di fatto, deposto da du Poujet che, nell'aprile 1331, gli intimò di rinunciare a ogni diritto sulla città di Rimini e sui castelli del contado. Colto alla sprovvista, il M. convocò un consiglio di famiglia per ponderare accuratamente tutte le implicazioni della scelta. Prevalse la posizione del cugino Malatesta Antico che, teso a perseguire una personale ascesa al potere, consigliò di consegnare la città al legato. Per il M. ebbe inizio, allora, una lunga peregrinazione, che lo condusse dapprima a Roncofreddo, quindi a Bologna presso il legato e, infine, nel Veneto, a Portobuffolé, dove risiedeva la figlia Samaritana, andata in sposa a Tolberto da Camino.
L'asservimento del M. alle disposizioni del legato non incontrò l'approvazione del figlio Malatestino Novello che, in segno di protesta, si arroccò nel castello di Mondaino, ricevendo aiuti da Perugia, Arezzo, Fabriano e Urbino. Malatesta Antico e Galeotto, invece, sostennero il legato, rendendo necessario l'intervento del Malatesta. Grazie alla mediazione del padre, infatti, Malatestino Novello rinunciò all'impresa e, in cambio degli altri castelli dislocati nel contado riminese, restituì Mondaino. Il 25 maggio 1332, tramite breve pontificio, fu proclamata la tregua che avrebbe dovuto preludere alla riconciliazione di Malatesta Antico con il M. e Malatestino Novello. Ma il mancato appoggio di du Poujet a Galeotto e Malatestino Novello, caduti prigionieri degli Este nell'aprile 1333, innescò una congiunta reazione di Malatesta Antico e del M. che, riconquistati i castelli del contado, fecero il loro ingresso trionfale a Rimini mettendo in fuga il rappresentante legatizio Brandaligi Gozzadini (22 sett. 1333). Fu così restaurato il dominio del M. a Rimini e di Malatesta Antico a Pesaro, mentre con l'aiuto di Giacomo da Carignano, il 16 apr. 1334, i Malatesta ripresero il controllo di Fano e Fossombrone. I giochi di potere che minavano l'unità del casato determinarono un nuovo capovolgimento della situazione: il 3 giugno 1334 Malatesta Antico, celando sotto una falsa ospitalità le ambiziose mire di dominio, invitò il M. nel proprio castello riminese e lo catturò insieme con il figlio Malatestino Novello e il nipote Guido.
Perduta ogni ragione anche su quel castello, il M. ottenne il permesso di trasferirsi a Rimini, dove morì il 12 nov. 1353.
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