Queste nomine "periferiche" preludevano alla chiamata in patria ad abate del monastero benedettino di S. Cipriano di Murano, nella diocesi di Torcello. Il M. infatti ricopriva sicuramente questo incarico nel 1422 (Arch. di Stato di Venezia, Mensa patriarcale, S. Cipriano, b. 84, 1422 febbr. [10]) e lo mantenne fino al 1427.
A partire dal 1418 il M. cominciò a candidarsi all'assunzione di titoli episcopali entro sedi del dominio veneto.
Il M. partecipò nel 1418 alle probae per la sede di Treviso, nel 1420 a quelle per Zara, nel 1425 a quelle per la sede veneziana di Castello, nella quale peraltro figura come electus per capitulum. Il 27 genn. 1427 assurse finalmente alla dignità vescovile nella sede di Spalato, senza aver partecipato alla relativa proba. Qui rimase per un solo anno; infatti, nel 1428 il M., già candidatosi per la sede di Padova, riuscì a farsi eleggere in quella di Castello. Il 16 luglio dunque, divenne vescovo a Venezia dove rimase in carica fino al 1433 quando, in seguito alla morte del vescovo di Vicenza, Pietro Emiliani, il capitolo della cattedrale vicentina elesse molto rapidamente come successore il Malipiero.
Il trasferimento a Vicenza significò per il M. l'approdo a una sistemazione definitiva. Secondo Mantese (1964), nella sede vicentina egli "sostanzialmente" rispettò l'impegno della residenza. Si allontanò infatti dalla sede solo per partecipare al concilio di Basilea, nel 1434, e poi per brevi soggiorni nelle sue dimore di Cittadella, nel Trevigiano, e soprattutto nella contrada veneziana di S. Angelo, dove visse pressoché stabilmente dal 1446 fino alla morte.
Le linee guida dell'azione del M. nei quasi venti anni trascorsi a capo della diocesi vicentina devono essere rintracciate nella sua formazione e nell'ambiente di provenienza, fattori che pesarono sulle sue scelte a partire dalle circostanze della nomina nella sede di Vicenza.
L'immagine che la storiografia ci ha tradizionalmente lasciato del M. è quella di un presule allineato sulle posizioni riformatrici del gruppo di S. Giorgio in Alga, cui appartenevano, oltre a Lorenzo Giustinian e a Gabriele Condulmer, Ludovico Barbo, Antonio e Angelo Correr, Marino Quirini, uomini di primissimo piano nel mondo ecclesiastico veneziano. Non si hanno testimonianze di una partecipazione diretta del M. a quel consesso, che al massimo poté esercitare su di lui una suggestione a cui non dovettero essere estranee probabili convergenze di ideali individuate anche dall'orientamento assunto in materia di riforme dalla politica di Venezia (Rigon, pp. 176-179).
Piuttosto, conosciamo bene alcune, concrete, ragioni che misero in contrapposizione il M. a Paolo Venier, a Ludovico Barbo, allo stesso Eugenio IV. Il M., infatti, insediato nella nuova sede, si trovò subito a dover affrontare gravi problemi amministrativi. Pietro Emiliani, il suo predecessore, aveva largamente attinto ai beni della Chiesa vicentina per beneficare nel suo testamento parenti ed enti a lui legati. Il tentativo di recuperare almeno parte del patrimonio della mensa vescovile trascinò il M. in defatiganti azioni legali e laboriose trattative.
L'attrito con il papa fu invece determinato dal rifiuto del M. di recarsi nel 1433 a Basilea, giustificato con ragioni economiche.
Il M. partì quindi, dietro ingiunzione della Serenissima, nel gennaio del 1434 e fu ammesso al concilio l'11 febbraio, unitamente ai due canonici vicentini Giovanni Gasparo de Leocornis, celebre cantore, e Nicola de Columbis. Entro l'anno, forse entro il primo semestre, il drappello vicentino era già di ritorno. Gli inizi del M. a Vicenza, dunque, appaiono faticosi; oltre ai dissesti economici, infatti, il vescovo scontava una certa subalternità, per non dire emarginazione, rispetto all'élite ecclesiastica veneziana, o almeno a una sua parte. Tuttavia, il M. lasciò segni importanti nella ristrutturazione della Chiesa vicentina. Se, infatti, non fu particolarmente attento al sostegno dell'attività pastorale e di cura d'anime - non riunì sinodi, né effettuò mai visite pastorali -, attuò comunque un'incisiva azione di riassestamento del patrimonio ecclesiastico.
Una volta portate a compimento le più impegnative iniziative di riordino della vita religiosa ed economica della diocesi, il M. fece ritorno a Venezia, per trascorrervi gli ultimi anni della sua vita e dove morì, in seguito a malattia, l'8 giugno 1451. Il suo corpo fu traslato a Vicenza per le esequie e la sepoltura nella cattedrale, avvenute il giorno 10 dello stesso mese.
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