LTR

LTR (Long terminal repeat)

(Long terminal repeat)

Sequenze geniche caratteristiche dei retrovirus (virus a RNA dotati di retrotrascrittasi, RT) in quanto presenti all’inizio (5′) e alla fine (3′) delle sequenze che codificano per i geni gag-pol-env (ed eventualmente di geni regolatori e accessori embricati a questi geni strutturali). Gli LTR sono presenti in forma incompleta e asimmetrica nell’RNA gnomico presente nella particella virale (virione) e vengono copiati e completati per un complesso lavoro di tessitura dell’enzima RT che compie una serie di salti sia intracatena, sia tra le due catene di RNA genomico virale. La regolazione trascrizionale dei retrovirus è sostanzialmente mediata attraverso le sequenze LTR presenti in 5′, mentre la regione LTR in 3′ contiene la parte N-terminale del gene della proteina Nef (nel caso di HIV). Gli LTR, in particolare, sono suddivisi in tre sottoregioni. La regione U3 contiene molti siti di legame per fattori trascrizionali della cellula infettata (nel caso di HIV, per es., per i fattori NF-kB, NFATc, AP-1, Sp1 e altri). La regione definita TATA box specifica il sito di legame della RNA polimerasi II, mentre i fattori trascrizionali citati attivano o modulano la trascrizione virale in sinergia o in contrasto con fattori virali (quali le proteine Tat e Tax dei virus umani HIV e HTLV, rispettivamente). La regione U3 confina con la regione R al ≤1, ovvero al sito d’inizio della trascrizione da parte dell’RNA polimerasi II cellulare. La regione R di HIV, che specifica la regione di legame della proteina virale Tat definita TAR. TAR è una struttura secondaria a RNA (che necessita quindi che la trascrizione sia già stata attivata per potersi formare) che lega la proteina Tat e anche proteine cellulari quali la ciclina T1 e la chinasi associata definita CDK9. Queste proteine cellulari e virali formano un vero ponte attraverso interazioni proteina-proteina con i fattori trascrizionali legati nella regione U3 al fine di potenziare la trascrizione virale. La regione U5 contiene altri elementi regolatori dell’espressione virale come la poliadenilazione del­l’RNA, funzionanti solamente nel contesto dell’LTR in posizione 3′, il packaging del­l’RNA genomico nel virione. La regione terminale di U5 contiene inoltre i nucleotidi fondamentali per iniziare il processo d’integrazione del DNA provirale nel genoma cellulare da parte dell’enzima integrasi.

→ HIV